پس از پیروزی انقلاب اسلامی، فضای جامعه از فرهنگ طاغوتی پاک نشده بود و مظاهر آن در همه جا به چشم میخورد. همچنین عوامل فعال طاغوتی در دانشگاهها مانع اشاعه فرهنگ اسلامی بودند. در نتیجه دانشجویان در برابر این مسأله، به مقابله برخاستند و دانشگاهها تعطیل شد. حضرت امام با تأیید این حرکت، فرمان تشکیل نهاد انقلابی جهاد دانشگاهی را صادر کردند تا پس از تشکیل ستاد انقلاب فرهنگی، فرهنگ منحط غربی از مراکز علمی و فرهنگی کشور زدوده شود. این مرکز فرهنگی در سال ۱۳۶۳، به عنوان ستاد اجرایی انقلاب فرهنگی تغییر نام داد تا این که در سال ۱۳۶۴، پس از استقلالِ دانشگاهها و جدا شدن وزارت فرهنگ و آموزش عالی، مجدداً به عنوان جهاد دانشگاهی مطرح گردید.